A kármentesítési tevékenység szerves része a felszín alatti vagy feletti vizek tisztítása. Ezek szennyeződése a nem megfelelően vagy körültekintően végzett tevékenység vagy hulladék-elhelyezés következménye. A víztisztás módszertanát a beavatkozási vagy kivitelezési tervben rögzítjük, amely figyelembe veszi a terület nagyságát, a vizekhez való hozzáférést és a szennyezés jellemzőit. A víztisztító rendszert ennek megfelelően mindig az adott helyzetre vonatkozóan egyedileg építjük ki, a próbaüzem alatt kalibráljuk, és a működtetés időtartamát is a helyi jellemzők alapján határozzuk meg.